در سال ۱۱۸۸، مورخ، جرالد ولز، در جمع اساتید آکسفورد، قرائت عمومی ارائه داد و حدود سال ۱۱۹۰، ورود ایمو از فریسلند، اولین دانشجوی شناخته‌شده خارجی، سنت ارتباطات علمی بین‌المللی دانشگاه را به حرکت درآورد. تا سال ۱۲۰۱، دانشگاه توسط یک استاد دانشگاه اوکسانی رهبری می‌شد که در سال ۱۲۱۴ عنوان صدراعظم به او اعطا شد و در سال ۱۲۳۱، اساتید به عنوان یک دانشگاه یا شرکت شناخته شدند.

در قرن سیزدهم، شورش بین شهر و مردم (شهرنشینان و دانشجویان) ایجاد خوابگاه‌های اولیه را تسریع کرد. پس از آنها، اولین کالج‌های آکسفورد تأسیس شدند که به عنوان خوابگاه‌های قرون وسطایی یا خانه‌های وقفی تحت نظارت یک استاد دانشگاه آغاز به کار کردند. کالج‌های دانشگاه، بالیول و مرتون که بین سال‌های ۱۲۴۹ تا ۱۲۶۴ تأسیس شدند، قدیمی‌ترین کالج‌ها هستند.

کمتر از یک قرن بعد، آکسفورد به جایگاهی والاتر از هر مرکز علمی دیگر در کشور دست یافت و به دلیل قدمت، برنامه درسی، اصول و امتیازاتش، مورد تحسین پاپ‌ها، پادشاهان و فرزانگان قرار گرفت. در سال ۱۳۵۵، ادوارد سوم به خاطر سهم ارزشمند دانشگاه در آموزش، از آن تقدیر کرد؛ او همچنین در مورد خدمات فارغ‌التحصیلان برجسته آکسفورد به دولت اظهار نظر کرد.

از همان روزهای اولیه، آکسفورد مرکزی برای بحث‌های داغ بود و محققان درگیر اختلافات مذهبی و سیاسی بودند. جان ویکلیف، استاد بالیول در قرن چهاردهم، برخلاف میل پاپ، برای انتشار کتاب مقدس به زبان بومی مبارزه کرد. در سال ۱۵۳۰، هنری هشتم دانشگاه را مجبور کرد تا طلاق خود را از کاترین آراگون بپذیرد و در طول اصلاحات در قرن شانزدهم، اعضای کلیسای آنگلیکان، کرانمر، لاتیمر و ریدلی، به جرم ارتداد محاکمه و در آکسفورد سوزانده شدند. این دانشگاه در جنگ داخلی طرفدار سلطنت بود و چارلز اول در مجلس شورا یک پارلمان مخالف برگزار کرد. در اواخر قرن هفدهم، جان لاک، فیلسوف آکسفورد، که به خیانت متهم شده بود، مجبور به فرار از کشور شد.

قرن هجدهم، زمانی که گفته می‌شد آکسفورد به خاطر سیاست، بندر را رها کرده است، دوران اکتشافات علمی و احیای مذهبی نیز بود. ادموند هالی، استاد هندسه، بازگشت ستاره دنباله‌داری را که نام او را بر خود دارد، پیش‌بینی کرد. جلسات دعای جان و چارلز وسلی پایه‌های انجمن متدیست را بنا نهاد.

دانشگاه در دوران ویکتوریا، به ویژه در مناقشات مذهبی، نقش رهبری را بر عهده گرفت. از سال ۱۸۳۳ به بعد، جنبش آکسفورد در پی احیای جنبه‌های کاتولیکی کلیسای آنگلیکان بود. یکی از رهبران آن، جان هنری نیومن، در سال ۱۸۴۵ کاتولیک رومی شد و بعداً به مقام کاردینال رسید. در سال ۱۸۶۰، موزه جدید دانشگاه صحنه مناظره معروفی بین توماس هاکسلی، مدافع تکامل، و اسقف ویلبرفورس بود.

از سال ۱۸۷۸، تالارهای دانشگاهی برای زنان تأسیس شد و آنها در سال ۱۹۲۰ به عضویت کامل دانشگاه پذیرفته شدند. پنج کالج کاملاً مردانه ابتدا در سال ۱۹۷۴ زنان را پذیرفتند و از آن زمان، همه کالج‌ها اساسنامه خود را تغییر داده‌اند تا هم زنان و هم مردان را بپذیرند. کالج سنت هیلدا، که در ابتدا فقط برای زنان بود، آخرین کالج تک جنسیتی آکسفورد بود. این کالج از سال ۲۰۰۸ هم مردان و هم زنان را پذیرفته است.

در طول قرن بیستم و اوایل قرن بیست و یکم، آکسفورد ظرفیت تحقیقاتی جدید و بزرگی را در علوم طبیعی و کاربردی، از جمله پزشکی، به هسته انسان‌گرایانه خود اضافه کرد. با انجام این کار، نقش سنتی خود را به عنوان یک مرکز بین‌المللی برای یادگیری و بستری برای بحث‌های فکری تقویت و ارتقا داده است.